Ağsunun bir şəhər kimi əsası 1735-ci ildə qoyulmuşdur. Həmin il Nadir xan tutmuş olduğu Şamaxını Yeni  Şamaxı  adlanan  Ağsuya köçürtmüşdür.

Ağsu rayonu  8 oktyabr 1943-cü ildə təşkil eilmiş, 4 yanvar 1963-cü ildə ləğv edilib  Kürdəmir rayonuna  birləşdirimliş, 6 yanvar 1965-ci ildə isə ayrılaraq yenidən müstəqil rayon olmuşdur.

Əvvəllər şəhər tipli qəsəbə olan  Ağsu 1967-ci ildə şəhər statusu almışdır.

1943-cü ilin yanvar ayından Ağsu Rayon Xalq Maarif Şöbəsi fəaliyyətə başlamışdır.

1989-cu ilin yanvar ayından adı dəyişdirilərək Rayon Xalq Təhsil Şöbəsi,1993-cü ilin oktyabrından isə Rayon Təhsil Şöbəsi  adlandırılmışdır.

Hazırda Ağsu rayon Təhsil Şöbəsinin tabeliyində 69 ümumtəhsil məktəbi, o cümlədən    35 tam orta, 16 ümumi orta, 18 ibtidai məktəb, 4 məktəbdənkənar təhsil müəssisəsi  fəaliyyət göstərir.